13 יום מתאר את המשבר הקובני של 1962, כאשר ארצות הברית וברית המועצות עמדו על סף מלחמה גרעינית. הסרט עוקב אחר הנשיא ג'ון פ. קנדי, אחיו רוברט קנדי והיועץ האסטרטגי קנת אודונל, המנסים לנווט במים הסוערים של הפוליטיקה הבינלאומית ולמנוע שואה גרעינית. בעזרתם של דיפלומטים ומפקדים צבאיים, הם מתמודדים עם החלטות קשות תחת לחץ זמן עצום ומול מדינה עוינת. הסרט מציג את המנהיגות והקור רוח שנדרשו כדי להימנע מהתנגשות קטסטרופלית, תוך הצגת הרגעים המלחיצים והמתחים הפנימיים בתוך הממשל האמריקאי.
