ליטל טראבל גירלס מתאר סיפור התבגרות מרתק ועוצמתי של נערה בת 16 בשם לוסיה שהצטרפה למקהלת בית ספר קתולית. במרכז הסרט עומדת החברות המורכבת והרגישה שהיא בונה עם אנה-מריה, תלמידה בוגרת במקהלה.
במהלך ריטריט במנזר, רגשותיה של לוסיה מקבלים תפנית מפתיעה כשהיא נמשכת לעובד שחזור שנמצא במקום. מערכת היחסים המטרידה הזו מערערת את הקשרים עם אנה-מריה ומציבה בפניה דילמות קשות בכל הקשור לאמונה ולזיהוי העצמי שלה.
הסרט מתעמק ברגשות הסותרים והמתח הפנימי המגיעים לשיא בסיטואציות קריטיות המובילות להתבגרות מהירה ולא צפויה של לוסיה. הסרט חושף את האתגרים הקיומיים והנפשיים שעומדים בפני צעירים בעידן המודרני ובא לידי ביטוי דרך תהליכים של זהות, חברוּת ואמונה.
